Agroseguros es administrado y dirigido por un Consejo Directivo de cinco miembros designados por el Ministro de Agricultura, el Vicepresidente Ejecutivo de CORFO y el Ministro de Hacienda.

Sus integrantes son:

• Dos miembros designados por el Ministerio de Agricultura, uno de los cuales será Presidente del Consejo según indicación del mismo Ministro, y al otro le corresponderá reemplazarlo en caso de ausencia.
• Dos miembros designados por el Vicepresidente Ejecutivo de CORFO.
• Un miembro designado por el Ministro de Hacienda.

El Comité cuenta con un Director Ejecutivo elegido por el Consejo Directivo, a quién le corresponde la ejecución, mediante resoluciones, de los acuerdos adoptados por el Consejo Directivo y ejercer las demás funciones y cumplir con otros deberes que se estime conveniente asignarle. También corresponderá al Director Ejecutivo representar judicial y extrajudicialmente a la CORFO en todos los asuntos que competen al Comité. Además cuenta con un Subdirector, encargado de subrogar al Director Ejecutivo en caso de ausencias; y un Asesor Legal, encargado de las materias legales.

La estructura organizacional contempla dos áreas funcionales principales: la Dirección Ejecutiva y la Subdirección de Operaciones.

La Dirección Ejecutiva constituye la instancia jerárquica superior, encabezada por el director ejecutivo, responsable de la conducción institucional, las relaciones internacionales y la vinculación con organismos públicos y entidades estratégicas. Esta dirección cuenta con la colaboración de tres profesionales: un Asesor de Dirección, un Periodista y un Abogado.

La Subdirección de Operaciones, liderada por el subdirector de Operaciones, tiene a su cargo la gestión técnica y administrativa de la institución, además de subrogar al director ejecutivo. Bajo su dependencia se encuentran dos unidades operativas: la Unidad de Administración y Finanzas y la Unidad de Informática, cada una integrada por dos profesionales